Jonas Boruta SJ gimė 1944 m. spalio 11 d. Kaune.
1962 m. mėgino stoti į Kauno tarpdiecezinę kunigų seminariją, tačiau dėl sovietų valdžiai nepageidaujamos kilmės buvo nepriimtas, todėl tais pačiais metais įstojo į Vilniaus universiteto Fizikos ir matematikos fakultetą.
1970 m. baigęs studijas VU, dirbo Lietuvos mokslų akademijos Fizikos institute. 1982 m. apgynė disertaciją.
1992 m. Lietuvos Mokslo taryba šią disertaciją nostrifikavo, suteikdama J. Borutai gamtos mokslų daktaro laipsnį.
1975 m. pradėjo teologijos studijas pogrindinėje Kunigų seminarijoje, 1981 m. – pogrindžio noviciatą Lietuvos jėzuitų provincijoje.
1982 m. rugpjūčio 5 d. Skaistgiryje slapta įšventintas kunigu.
Suėmus Lietuvos katalikų bažnyčios kronikos pirmąjį redaktorių kun. S. Tamkevičių SJ, 1983–1989 m. buvo šio leidinio vyriausiasis redaktorius.
1983 – 1989 m. – vienas iš seserų vienuolių teologijos ir katechetikos slaptųjų kursų vadovų.
1989 –1998 m. buvo Lietuvos jėzuitų provincijos provincijolu. 1997–2006 m. buvo Lietuvių katalikų mokslo akademijos pirmininku.
2002 m. sausio 5 d. popiežius Jonas Paulius II vyskupą Joną Borutą paskyrė Telšių vyskupu. Sausio 20 d. įvyko vyskupo Jono Borutos SJ ingresas į Telšių vyskupijos katedrą.
Nuo 2017 m. rugsėjo 18 d. – Telšių vyskupas emeritas.
Rašyti komentarą